El Honorable Consejo Universitario de la Universidad Estatal del Sur de Manabí constituye el órgano colegiado académico superior de cogobierno, siendo por su naturaleza jurídica la máxima autoridad de la Institución. En su integración se respetará la alternancia, la paridad de género, igualdad de oportunidades y equidad, conforme lo contempla la Constitución.
Integran el Honorable Consejo Universitario de la UNESUM:
a) El Rector o Rectora, que lo presidirá;
b) El Director/a General Académico/a;
c) Un Director/a de las Unidades Académicas de la Universidad Estatal del Sur de Manabí;
d) Cinco representantes del personal académico con su respectivo alterno;
e) Un representante estudiantil, en un porcentaje del 25% del total del personal académico con derecho a voz y voto que integra el Honorable Consejo Universitario, exceptuándose al Rector/a y Vicerrector/a Académico/a; elegidos conforme lo señala el Art. 61 de la LOES.
f) Un representante de los servidores y trabajadores de la Universidad Estatal del Sur de Manabí, en un porcentaje equivalente al 5% con relación del personal académico con derecho a voz y voto, exceptuándose al Rector/a y Vicerrector Académico/a; quienes no participaran en las decisiones de carácter académico de acuerdo al Art. 62 de la LOES
g) Un representante de los graduados, elegido en forma universal, directa y secreta, en un porcentaje del 5% con relación al personal académico con derecho a voz y voto, exceptuándose al Rector/a o Vicerrector Académico/a; de acuerdo a lo estipulado en el Art. 60 de la LOES.